指紋圖譜是指某些復雜物質或某生物體的DNA、蛋白質等經適當處理后，采用一定的技術分析手段，獲得的能夠標示其化學特征的色譜圖或光譜圖。指紋圖譜猶如人的指紋一樣獨一無二，能夠展示出不同物質鮮明的特異性和典型性。指紋圖譜是一種綜合的評價方法，它建立在研究樣本復雜成分體系的基礎上，具有采樣精度高，特征明顯、專屬性強、重現性好的特點，且操作方便、快速且識別能力強。指紋圖譜強調的是同一物種群體內的整體相似性，而非個體的專一性。 白酒獨有的多香型、多產地特性決定了同種香型、相同產地的白酒所具有的整體相似性，決定了指紋圖譜應用在白酒研究上的適用性和廣泛性。
在白酒指紋圖譜的應用中，依靠指紋圖譜評價白酒質量時，必然遇到指紋圖譜的判別和識別的問題，所以有必要以化學計量學、數據挖掘技術等方法為基礎，建立起白酒指紋圖譜計算機模式識別系統，評價指紋圖譜的相關性，進而判別白酒的質量。模式識別是根據白酒所含化學成分用數學手段對其進行分類或描述，其中回歸分析、聚類分析、判別分析、相關分析、主成分分析等多元統計方法及用于非線性體系的人工神經網絡技術等在白酒質量控制中得到很好的應用。
在醬香型白酒指紋圖譜研究中，鄭巖研究團隊曾用氣相色譜-質譜聯用技術對10批酒樣進行指紋圖譜測定，建立了貴州茅臺酒的共有指紋圖譜
目前，指紋圖譜研究較多，但真能夠正成為國際認可的質量控制標準，尚有些問題需要解決，相關研究人員認為今后白酒指紋圖譜的研究可能集中在以下幾個方面。
第一是如何獲得良好的白酒指紋圖譜。關鍵之一是選擇性能優良的氣相色譜儀，高分離效能的色譜柱，使其滿足白酒香氣組分全分析要求。全面了解各種操作條件對色譜峰位、峰寬的影響，有針對性地選擇合適的毛細管柱、載氣及其流速、溫度和進樣量等實驗條件，實現快速的有效分離。
第二是如何更好地對指紋圖譜進行分析。首先需要采用聯用技術，如GC-MS、GC-IR 等方法對圖譜中反映出來的白酒香味成分，進行有效的分離和結構鑒定。需要對現有的圖譜識別方法、相似度計算方法以及圖譜的計算機輔助分析方法等不斷地進行改進優化，使圖譜分析更加規范化、科學化。
第三是如何把指紋圖譜的信息與白酒的人工感官品評結合起來。白酒作為一種食品，只有同人的感官評價相結合，才能更全面地了解不同種類白酒的香味特征。而在醬香型白酒指紋圖譜研究中，較為成熟的指紋圖譜獲取方法還僅僅限于色譜分析階段，且樣品量和分析方法等有待于提升，今后亦可以嘗試從光譜和波譜等方面加以研究。
